Прохладный вырос из казачьей станицы Прохладной, основанной в 1784 году на Моздокской военной укреплённой линии как слобода, населенная в основном малороссами. В 1824 году, в связи с учреждением Горского казачьего полка, слобода стала станицей, а её жители были обращены в казаков. Через Прохладную проходил почтовый тракт, связывавший Россию с Закавказьем.
Особенно быстро станица стала развиваться с 1860-х годов, когда с постройкой железной дороги от Ростова-на-Дону до Владикавказа, близлежащая железнодорожная станция стала центром сбора и отправки продукции обширного сельскохозяйственного района Терской области.
С 1867 года станица Прохладная входила в Пятигорский отдел Терской области.
В конце XIX века население станицы составляло около 5 тыс. человек, здесь было свыше 60 различных торгово-промышленных заведений. Прохладненский базар и Воздвиженская ярмарка превратили станицу в крупный торговый центр Северного Кавказа.
В годы Гражданской войны станица несколько раз становилось местом столкновения красногвардейцев и белогвардейцев, занимавших поочерёдно станицу.
В марте 1932 года Прохладненский поселковый совет и Прохладненский сельсовет были переданы из ликвидированного Прохладненского района в Прималкинский район.
В 1937 году станице было присвоено статус города районного подчинения, который получил название Прохладный.
С 26 августа 1942 по 5 января 1943 года город был занят немецкими войсками.
28 мая 1962 года город был выделен из состава Прохладненского района и преобразован в самостоятельный городской совет республиканского подчинения.
В 2003 году Прохладненский городской совет был преобразован в городской округ Прохладный.