В ночь с 26 на 27 мая 1918 года в Челябинске произошел мятеж чехословацкого корпуса. Чехи не ставили целью свержение большевистской власти в городе. Она формально сохранялась еще целых четыре дня. Но выступлением чехословацкого корпуса воспользовались антибольшевистские силы. Это выступление позволило им консолидироваться и начать действовать. Так, 112 русских офицеров из 120 зарегистрированных сразу примкнули к чехам. К Челябинску подошли отряды казаков из Верхнеуральска, Троицка, Еманжелинки. Все оружие чехи передали им. Свергнув советскую власть 1 июня, офицеры передали власть новому органу – комитету народной власти – Временному правительству Челябинска, которое занялось налаживанием жизни в городе.
15 июля 1918 года в Народном доме открылось первое совещание по созданию единого ответственного российского правительства, в котором участвовали представители Комуча, либерального правительства, сформированного в Самаре, и более правого Временного Сибирского правительства во главе с военными и крупными предпринимателями. Совещание носило рабочий предварительный характер. В Челябинске же вскоре состоялось и второе совещание, собравшее представителей разных групп, сословий, национальностей: казаков, башкир, меньшевиков, эсэров. Челябинские совещания стали важной ступенью в создании единого правительства России. Чуть позже новое Временное правительство с большими полномочиями было сформировано в Уфе.
Но уже в ноябре 1918-го года к власти пришел адмирал Колчак и объявил себя Верховным правителем России.
В 1918-1919-х гг. в Челябинске кипели страсти самоопределения. Так, местные православные пытались провести свою политическую линию. Институт православной церкви не обновлялся со времен Петра Первого. И священнослужители, и миряне хотели реформ. Челябинское духовенство, недовольное политикой оренбургского клира, тоже предъявляло свои требования – оно заявляло о желании создать самостоятельную Челябинскую епархию, но не очень удачно: назначенный правящий архиерей из-за бушевавшей Гражданской войны так и не смог приехать в город. Лишь 30 сентября 1919 года самостоятельная Челябинская епархия получила своего архиерея – епископа Дионисия. Жизнь епархии изменилась. Был создан временный епархиальный совет, который и взял на себя все полномочия по управлению приходами на территории нашего края. В Челябинске же формировалась еще одна важная духовная организация – церковное управление западных армий белых.
В августе с приближением красных началась эвакуация. Последний городской голова Прокопий Владимирович Иванов, поддерживающий городское хозяйство в период Гражданской войны, покинул город вместе с отступающей армией белых. Он дошел до Омска, но в декабре 1919 года был арестован большевистским правительством и расстрелян.